Основу нормативно-правової бази наукового та освітнього співробітництва між Україною і Хорватією складають такі документи:

• Угода між Кабінетом Міністрів України та Урядом Республіки Хорватія про співробітництво у галузі культури, освіти, науки і технології від 05.06.1997;
• Договір про дружбу і співробітництво між Україною і Республікою Хорватія від 24.10.2002.

Наукове та освітнє співробітництво значним чином відбувається в рамках взаємодії Київського та Львівського національних університетів із Загребським університетом, заснованої на відповідних угодах про співпрацю. Розвивається двостороннє співробітництво між іншими вищими навчальними закладами двох країн.

Важливим елементом співпраці в галузі середньої освіти є функціонування класів з вивчення українознавчих предметів у хорватських школах у Загребі, Липовлянах, Петровцях, Каніжі і Шумечах.

На філософському факультеті Загребського університету з 2001 року функціонує кафедра української мови й літератури.

У столиці Хорватії з 1995 року діє Центральна бібліотека русинів та українців.

У 2019 році укладено Меморандум між Дипломатичною академією України і Дипломатичною академією Хорватії про співробітництво, який регламентує відносини між двома установами щодо професійної підготовки дипломатів, реалізації спільних проєктів, проведення тренінгів та спільних конференцій.

21 жовтня 2020 року з ініціативи Посольства та спільно з науковцями України і Хорватії засновано Українсько-хорватський академічний форум (УХАФ) як платформу для наукових дискусій з широкого кола питань українсько-хорватських відносин.